詳情點(diǎn)擊鏈接：R語(yǔ)言結(jié)構(gòu)方程模型（SEM）在生態(tài)學(xué)應(yīng)用

結(jié)構(gòu)方程模型（Sructural Equation Model）是一種建立、估計(jì)和檢驗(yàn)研究系統(tǒng)中多變量間因果關(guān)系的模型方法，它可以替代多元回歸、因子分析、協(xié)方差分析等方法，利用圖形化模型方式清晰展示研究系統(tǒng)中變量間的因果網(wǎng)絡(luò)關(guān)系。
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一：基礎(chǔ)

1）R及Rstudio：背景、軟件及程序包安裝、基本設(shè)置等

2）R語(yǔ)言基本操作，包括向量、矩陣、數(shù)據(jù)框及數(shù)據(jù)列表等生成和數(shù)據(jù)提取等

3）R語(yǔ)言數(shù)據(jù)文件讀取、整理（清洗）、結(jié)果存儲(chǔ)等（含tidverse）

4）R語(yǔ)言基礎(chǔ)繪圖（含ggplot）：基本繪圖、排版、發(fā)表質(zhì)量繪圖輸出存儲(chǔ)

1)SEM的定義、生態(tài)學(xué)領(lǐng)域應(yīng)用及歷史回顧

2)SEM的基本結(jié)構(gòu)

3)SEM的估計(jì)方法

4)SEM的路徑規(guī)則

5)SEM路徑參數(shù)的含義

6)SEM分析樣本量及模型可識(shí)別規(guī)則

7)SEM構(gòu)建基本流程

二：?R語(yǔ)言SEM分析：lavaan?VS piecewiseSEM

1)結(jié)構(gòu)方程模型在生態(tài)學(xué)研究中的應(yīng)用介紹及模型要點(diǎn)

2)結(jié)構(gòu)方模型估計(jì)方法：局域估計(jì)和全局估計(jì)的基本原理、主要區(qū)別及應(yīng)用情景分析

3)案例群落物種豐富度恢復(fù)的直接及間接效應(yīng)（direct and indirect effects）：SEM分析基本流程-lavaan vs piecwiseSEM

（1）模型建立

（2）模型擬合

（3）模型評(píng)估

（4）結(jié)果展示

三：基于lavaan的SEM在生態(tài)學(xué)應(yīng)用

案例1：濕地生態(tài)系統(tǒng)初級(jí)生產(chǎn)力的直接和間接效應(yīng)分析

（1）問(wèn)題提出、元模型構(gòu)建

（2）模型構(gòu)建及模型估計(jì)

（3）模型評(píng)估：路徑增加和刪減原則、最優(yōu)模型篩選方法

（4）結(jié)果表達(dá)

案例2：火燒干擾后植物群落恢復(fù)效果評(píng)估-數(shù)據(jù)缺失和正態(tài)性不足數(shù)據(jù)處理-

案例3：放牧對(duì)海拔與生物量關(guān)系的影響分析-數(shù)據(jù)分組分析

案例4：農(nóng)業(yè)用地比例對(duì)河口水草多度影響-數(shù)據(jù)分層/嵌套分析

環(huán)境異質(zhì)性和資源可獲得性對(duì)不同演替階段林下維管植物多樣性的影響

四：基于lavaan的SEM潛變量分析在生態(tài)學(xué)應(yīng)用

(1)潛變量的定義、優(yōu)勢(shì)及應(yīng)用背景分析

(2)潛變量分析lavaan實(shí)現(xiàn)基本原理

(3)案例1：海岸帶米草群落生態(tài)恢復(fù)表現(xiàn)預(yù)測(cè)-單潛變量模型構(gòu)建

(4)案例2：城市景觀中土地利用對(duì)有花植物資源和訪華昆蟲的直接與間接影響-多個(gè)潛變量模型構(gòu)建

植物多樣性、能量梯度及環(huán)境梯度對(duì)動(dòng)物多樣性格局的影響-構(gòu)建動(dòng)物多樣性潛變量

五：基于lavaan的SEM復(fù)合變量分析在生態(tài)學(xué)應(yīng)用

(1)復(fù)合變量的定義及在生態(tài)學(xué)領(lǐng)域應(yīng)用情景分析

(2)復(fù)合變量分析lavaan實(shí)現(xiàn)途徑

(3)案例1：生態(tài)力與生物多樣性形成機(jī)制分析-土壤理化因子的多復(fù)合變量構(gòu)建

(4)案例2：火燒后植被恢復(fù)對(duì)物種豐富度影響-復(fù)合變量解決非線性問(wèn)題

(5)案例3：氣候暖化、海平面上升對(duì)濕地植物群落的復(fù)合影響-復(fù)合變量解決交互作用問(wèn)題

植物群落物種多樣性是否會(huì)提高其對(duì)入侵植物的抵抗力(Oikos, 2017)-多復(fù)合變量實(shí)現(xiàn)

六：局域估計(jì)SEM -piecewiseSEM及生態(tài)學(xué)應(yīng)用

(1)piecewiseSEM對(duì)內(nèi)生變量為二項(xiàng)及泊松分布數(shù)據(jù)的分析

(2)案例1：氣候波動(dòng)對(duì)海草床生態(tài)系統(tǒng)食物網(wǎng)結(jié)構(gòu)影響-數(shù)據(jù)分層和嵌套、時(shí)間和空間自相關(guān)對(duì)結(jié)果影響

(3)案例2：物種屬性、社會(huì)性進(jìn)化特征對(duì)海蝦領(lǐng)域范圍和多度影響-系統(tǒng)發(fā)育相關(guān)修正

(4)案例3-5：分組數(shù)據(jù)、交互作用、非線性關(guān)系等piecewiseSEM實(shí)現(xiàn)

人類活動(dòng)、環(huán)境條件、物種屬性對(duì)動(dòng)物領(lǐng)域大小相對(duì)貢獻(xiàn)-分組分析和分類變量處理

七：貝葉斯SEM在生態(tài)學(xué)應(yīng)用

(1)貝葉斯（bayes）方法

(2)R語(yǔ)言貝葉斯SEM實(shí)現(xiàn)程序包blavaan和brms

(3)案例1：氣候及生態(tài)位重疊程度對(duì)田鼠物種豐富度影響：模型比較、直接和間接效應(yīng)計(jì)算（blavaan）

(4)案例2：火燒后對(duì)植被恢復(fù)影響因素-模型擬合、模型比較和評(píng)估（brms）

生物地理歷史因素對(duì)北半球森林的初級(jí)生產(chǎn)力的影響（brms）
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