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基于SEIR模型對美國COVID-19疫情傳播的預(yù)測和分析

這篇具有很好參考價(jià)值的文章主要介紹了基于SEIR模型對美國COVID-19疫情傳播的預(yù)測和分析。希望對大家有所幫助。如果存在錯(cuò)誤或未考慮完全的地方,請大家不吝賜教,您也可以點(diǎn)擊"舉報(bào)違法"按鈕提交疑問。

1.思路

基于每日發(fā)布的COVID-19確診感染人數(shù),采用SEIR(Susceptible-Exposed-Infected-Recovered)傳染病動(dòng)力學(xué)模型,利用最小二乘法對模型中的參數(shù) β , k , γ , μ \beta,k,\gamma,\mu β,k,γ,μ 以及潛伏者的初值E(0)進(jìn)行擬合估計(jì),選擇合適的數(shù)據(jù)集和參數(shù)范圍,進(jìn)一步提高模型預(yù)測的精度和準(zhǔn)度。該方法能夠合理地預(yù)測美國COVID-19疫情確診感染人數(shù)、死亡人數(shù)和疫情穩(wěn)定階段,對美國確診感染人數(shù)的預(yù)測平均誤差率在6%左右,對于疫情防控具有實(shí)用價(jià)值,對美國COVID-19疫情傳播趨勢具有研究意義。

為預(yù)測美國COVID-19疫情傳播情況,本文主要分為4個(gè)部分。

第一部分:建立SEIR模型,在原始模型基礎(chǔ)上進(jìn)行改進(jìn),以提高精度和準(zhǔn)度。

第二部分:模型求解,獲取數(shù)據(jù)并進(jìn)行數(shù)據(jù)預(yù)處理,運(yùn)用最小二乘擬合進(jìn)行參數(shù)估計(jì),進(jìn)而預(yù)測分析確診感染人數(shù)。

第三部分:模型分析,對模型的可行性靈敏度進(jìn)行分析,確定模型的精度和準(zhǔn)度。

2.問題分析

2.1問題重述

以一個(gè)國家或一個(gè)省/市的數(shù)據(jù)為例,建立數(shù)學(xué)模型描述新冠病毒的傳播規(guī)律,并進(jìn)行預(yù)測和分析,可以美國、香港或上海為例。本文選取美國作為研究對象,進(jìn)行參數(shù)擬合和結(jié)果預(yù)測。主要的問題如下:

  • 問題1:獲取美國自COVID-19疫情發(fā)展之初至今的每日總確診數(shù)以及單日新增 感染、治愈、死亡人數(shù),并整合到excel數(shù)據(jù)表格中;

  • 問題2:基于已知數(shù)據(jù),建立COVID-19疫情預(yù)測模型,對模型中的參數(shù)進(jìn)行擬合,獲取最優(yōu)擬合參數(shù),預(yù)測美國COVID-19疫情傳播趨勢以及確診人數(shù);

  • 問題3:對模型進(jìn)行可行性分析、靈敏度分析以及誤差分析,判斷預(yù)測結(jié)果的準(zhǔn)確性和精度;

  • 問題4:將模型運(yùn)用于實(shí)際問題中,分析不同疫情防控措施對美國COVID-19疫情傳播的影響,獲取最佳的防控措施。

2.2研究過程

選取SEIR模型進(jìn)行數(shù)學(xué)建模。
基于SEIR模型對美國COVID-19疫情傳播的預(yù)測和分析

? 圖1-研究過程

3.合理假設(shè)

(1) 不考慮出生和死亡,假設(shè)總?cè)丝跒橐粋€(gè)常數(shù);

(2) 治愈后的個(gè)體具有免疫能力,不會(huì)再次感染;

(3) 人群分為易感人群、潛伏人群、感染人群和康復(fù)人群;

(4) 康復(fù)人群中包含治愈和死亡人數(shù);

(5) 不考慮疫苗的預(yù)防作用。

4.符號(hào)定義

? 表1-符號(hào)定義

符號(hào) 定義
β \beta β 感染系數(shù)
k k k 從暴露人群到確診感染者的概率
γ \gamma γ 恢復(fù)系數(shù)
μ \mu μ 死亡率

5.模型求解

5.1獲取數(shù)據(jù)

worldometer網(wǎng)站上有全球范圍內(nèi)較為權(quán)威的COVID-19感染人數(shù)統(tǒng)計(jì)情況,通過python程序獲取網(wǎng)站的html文件并通過正則匹配獲取美國疫情感染人數(shù),部分?jǐn)?shù)據(jù)如表2所示。由于人數(shù)較多,在不同時(shí)間統(tǒng)計(jì)結(jié)果中,近期的確診人數(shù)不同,但數(shù)據(jù)差異不大,可忽略不計(jì)。

? 表2-COVID-19感染人數(shù)

日期 現(xiàn)存確診 新增確診 總確診
2020-02-20 10 0 15
2020-02-21 29 20 35
2020-02-22 29 0 35
2020-02-23 28 0 35
2022-04-01 15429442 33740 81823322
2022-04-02 15311698 26663 81849985
2022-04-03 15175351 19579 81869564
2022-04-04 15037249 24048 81893612
2022-04-05 14938259 29696 81923308
2022-04-06 14840712 32311 81955619
2022-04-07 14757686 32659 81988278

基于SEIR模型對美國COVID-19疫情傳播的預(yù)測和分析

? 圖2-感染數(shù)據(jù)

5.2參數(shù)估計(jì)

目前已獲取美國自疫情傳播以來的所有數(shù)據(jù),截至2022年4月7日,共有783組數(shù)據(jù),數(shù)據(jù)量較大,可以直接進(jìn)行參數(shù)擬合,不需要進(jìn)行插值處理。

目前需要進(jìn)行擬合的未知參數(shù)包括 β , k , γ , μ \beta,k,\gamma,\mu β,kγ,μ 以及E(0)。

考慮到過擬合和病毒傳播特性,采用近150天的數(shù)據(jù)進(jìn)行最小二乘擬合,擬合后的參數(shù)值如表3所示。

? 表3-擬合后參數(shù)值

參數(shù) 擬合值
β \beta β 0.014419668870111
k k k 0.012296625823406
γ \gamma γ 0.001492483739052
μ \mu μ 0.008410009646738
E(0) 2.801840825482927e+07

5.3感染人數(shù)預(yù)測

通過以上模型和擬合過程,基于5.2中擬合出的參數(shù),預(yù)測出接下來4年時(shí)間美國COVID-19感染人數(shù),得到每日疫情預(yù)測情況。預(yù)測出的部分?jǐn)?shù)據(jù)如表4所示。預(yù)測出的美國COVID-19疫情傳播趨勢如圖Y軸為linear形式如圖3所示,Y軸為log形式如圖4所示。

? 表4-擬合數(shù)據(jù)

日期 現(xiàn)存確診/人數(shù) 新增確診/人數(shù) 總確診/人數(shù)
2022-04-08 21791043 249395 87694573
2022-04-09 21824505 249487 87944060
2022-04-10 21857732 249582 88193642
2022-04-11 21890731 249679 88443321
2022-04-12 21923505 249777 88693098
2022-04-13 21956061 249879 88942977
2022-04-14 21988405 249982 89192959
2022-04-15 22020542 250087 89443046
2022-04-16 22052477 250195 89693241
2022-04-17 22084217 250304 89943545

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? 圖3-Y軸為linear

基于SEIR模型對美國COVID-19疫情傳播的預(yù)測和分析

? 圖4-Y軸為log

6.模型檢驗(yàn)與分析

6.1可行性分析

(1) 模型假設(shè)總?cè)丝跒槌?shù)是可行的。在短時(shí)間內(nèi),出生人口數(shù)和死亡人口數(shù)可忽略不計(jì)。使用2020年至今的數(shù)據(jù)預(yù)測接下來兩年時(shí)間美國感染人數(shù),總計(jì)4年時(shí)間,時(shí)間較短,人口數(shù)量起伏不大,可以忽略不計(jì)。

(2) 模型假設(shè)治愈后的人群具有免疫能力,康復(fù)后不會(huì)被感染是可行的。世界衛(wèi)生組織曾公布康復(fù)者仍有可能二次感染,但這里的二次感染大多數(shù)是因?yàn)楹怂釞z測和抗體檢測的假陽性問題,對于完全康復(fù)的人群,其二次感染的可能幾乎為0,所以可以假設(shè)康復(fù)人群具有免疫能力。

(3) 假設(shè)總?cè)巳悍譃橐赘腥巳骸摲巳?、感染人群和康?fù)人群是可行的。美國沒有實(shí)行嚴(yán)格的防疫措施,幾乎沒有任何隔離措施,另外美國人更注重自由,所以可以假設(shè)所有人都暴露在病毒之下。

6.2靈敏度分析

采用不同的參數(shù)結(jié)果不同,采用不同參數(shù)總確診數(shù)增幅不同,如圖5所示。從圖中可以看出,beta越大,k越大,gamma越小,mu越小,則總確診人數(shù)的增幅越大,總確診人數(shù)越大。由圖6可知,當(dāng)beta和k增大到一定范圍內(nèi),對確診人數(shù)的影響較小,不同參數(shù)時(shí)總確診人數(shù)相同。

基于SEIR模型對美國COVID-19疫情傳播的預(yù)測和分析

? 圖5-參數(shù)變化對美國COVID-19疫情傳播的影響

基于SEIR模型對美國COVID-19疫情傳播的預(yù)測和分析

? 圖6- $ \beta $ 和 k k k 較大時(shí)對美國COVID-19疫情傳播的影響

6.3模型精度

根據(jù)真實(shí)總感染人數(shù)和預(yù)測總感染人數(shù)計(jì)算誤差,獲取相對誤差,2022年03月01至2022年03月10日的真實(shí)感染人數(shù)和預(yù)測感染人數(shù)如表5所示。

? 表5- 美國確診人數(shù)預(yù)測結(jié)果表

日期 預(yù)測確診 人數(shù) 實(shí)際確診 人數(shù) 相對誤差
2022-03-01 78264620 80807299 3.14%
2022-03-02 78511957 80859204 2.90%
2022-03-03 78759317 80913172 2.66%
2022-03-04 79006701 80961171 2.41%
2022-03-05 79254112 80999815 2.16%
2022-03-06 79501550 81024985 1.88%
2022-03-07 79749019 81053566 1.61%
2022-03-08 79996518 81088326 1.35%
2022-03-09 80244050 81129499 1.09%
2022-03-10 80491618 81173942 0.84%

從表5中可以看出,預(yù)測的部分?jǐn)?shù)據(jù)誤差在0.8%到3.2%之間,誤差較小。

在進(jìn)行擬合的150組數(shù)據(jù)中,誤差范圍在0-14.9%之間,平均相對誤差為6.42%,擬合效果較好,且有充分的數(shù)據(jù)支撐,可以較好的模擬出美國COVID-19疫情傳播趨勢。

6.4誤差分析和模型改進(jìn)

在該模型中,預(yù)測的結(jié)果仍有平均6.42%的誤差,可能是以下幾個(gè)原因造成的:

(1) 考慮到病毒的不確定性,美國COVID-19新增確診人數(shù)波動(dòng)性較大,較難獲取最佳擬合效果。

(2) 隨著疫情的發(fā)展以及科學(xué)技術(shù)水平的不斷提高,新冠疫苗問世,但是本模型沒有考慮疫苗的作用,可以增加新的變量代表疫苗的預(yù)防效果。在疫苗的作用下,接種疫苗的人群感染概率較低,并不均為易感人群。

(3) 本模型使用的數(shù)據(jù)為近150天的數(shù)據(jù),奧密克戎毒株在美國盛行,但未來產(chǎn)生的新變異毒株的傳染性未知,可能和奧密克戎毒株差異較大。僅使用SEIR模型具有局限性,可考慮結(jié)合其他模型及擬合方法,例如 AI模型,獲取更好的擬合效果和預(yù)測精度。

(4) 沒有考慮隱形傳播者,即尚未被確診但實(shí)際上已經(jīng)感染新冠病毒的混在健康者中的人群,這類人群有更高的感染系數(shù),所以需要對潛伏者和感染者進(jìn)行重新定義,包含隱形傳播者。

(5) 忽略了潛伏期患者的傳播風(fēng)險(xiǎn),潛伏人群仍具有一定的傳播風(fēng)險(xiǎn),但在本模型中將其假設(shè)為無傳染性。

(6) 沒有考慮住院或隔離患者的傳染性,隔離和住院感染者可接觸到的人群較少,且有較好的防護(hù)措施,和普通感染者的感染系數(shù)不同。

7. 結(jié)論

在不進(jìn)行附加干預(yù)措施的情況下,在2026年左右美國疫情傳播將到達(dá)穩(wěn)定階段,所有COVID-19感染者將會(huì)被治愈或死亡,現(xiàn)存確診較少,僅有 1000例左右,S,E,I,R均趨于穩(wěn)定,但是此時(shí)感染者人數(shù)已超過美國總?cè)丝诘?/3,死亡人數(shù)已超過200萬人。所以,進(jìn)行有效的預(yù)防措施和接種疫苗是有必要的。

如6.2.2所示 ,降低 β 、 k 、 γ 、 μ \beta、k、\gamma、\mu β、kγ、μ,可以有效降低總確診人數(shù)。

目前beta的值為0.014419668870111,gamma的值為0.001492483739052,最終確診人數(shù)為2.6億人,如果 β \beta β 能降低到0.01,最終確診人數(shù)將降低到1.8億人,可顯著減少確診人數(shù)。降低感染系數(shù),首要的措施就是戴口罩,將易感人群和感染者隔離開。同時(shí)提高治愈率,這需要生物醫(yī)學(xué)的發(fā)展以及政府的資金補(bǔ)助,當(dāng) γ \gamma γ 同時(shí)提高到0.01時(shí),最終確診人數(shù)將降到1.0億,確診人數(shù)顯著減少。

參考文獻(xiàn)

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附錄

附錄1——使用的工具和軟件

Python & MATLAB

附錄2——代碼

附錄2.1
簡介: python爬蟲獲取美國COVID-19疫情感染人數(shù) 數(shù)據(jù)來源:https://www.worldometers.info/coronavirus/country/us/ 源碼在get_data.py文件 運(yùn)行后獲取true data.csv文件
附錄2.2
簡介: matlab擬合參數(shù)及預(yù)測美國COVID-19疫情感染人數(shù) 完整導(dǎo)出數(shù)據(jù)以及繪圖代碼在predict.m文件 optimize.m 為 fmincon優(yōu)化的目標(biāo)函數(shù) SEIR.m為SEIR模型函數(shù) 運(yùn)行后獲取predict data.csv文件、relative error.csv文件以及比較圖

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