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本篇關(guān)鍵詞【RasMol】

（ps: 復(fù)制括號內(nèi)紅色的關(guān)鍵詞回復(fù)，不要手動輸入，如空格或字母大小寫會影響關(guān)鍵詞的軟件推送）

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名稱	主要功能
HighScore3.0.5+	XRD數(shù)據(jù)分析工具
Thermo Avantage	XPS數(shù)據(jù)分析工具
MDI Jade 6.5	XRD數(shù)據(jù)分析
LabSpec	拉曼光譜分析
MestReNova 14?	核磁共振NMR數(shù)據(jù)處理
Image J	科研圖像處理工具
CasaXPS	XPS數(shù)據(jù)分析

?目錄

1. 軟件下載

2. 軟件介紹

3. 安裝教程

4. 使用教程

軟件下載

[軟件名稱]：RasMol (RasWin) Version2.7.5.2

[界面語言]：英文

[安裝環(huán)境]：Win7/Win8/Win10/Win11

[系統(tǒng)位數(shù)]：64位

[軟件類型]：觀看生物分子3D微觀立體結(jié)構(gòu)軟件

[下載鏈接]：公眾號回復(fù)【RasMol】

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回復(fù)【軟件名稱】

本篇關(guān)鍵詞【RasMol】

（ps: 復(fù)制括號內(nèi)紅色的關(guān)鍵詞回復(fù)，不要手動輸入，如空格或字母大小寫會影響關(guān)鍵詞的軟件推送）

軟件介紹

RasMol是一個觀察蛋白質(zhì)、核酸和小分子結(jié)構(gòu)的分子觀察程序。RasMol Version分子圖像觀察軟件的主要目的是顯示和生成高質(zhì)量的分子圖像文件。

安裝教程

注意事項

①解壓安裝包和軟件安裝時，關(guān)閉殺毒軟件，否則安裝文件容易被誤刪除；

②安裝軟件時，要右擊壓縮包，把壓縮包解壓出來，不要直接雙擊壓縮包；

③安裝包及軟件安裝路徑，最好是英文或數(shù)字，如有中文路徑，容易報錯：

④本公眾號軟件安裝包，皆經(jīng)技術(shù)安裝人員親自測試，無病毒，放心安裝。

1、把下載的壓縮包，用解壓軟件解壓出來，然后雙擊打開解壓出來的【RasMol 2.7.5.2 EN】文件夾。

2、雙擊打開【Setup.exe】。

3、點擊【OK】。

4、點擊【我接受】。

5、點擊【下一步】。

6、默認(rèn)安裝位置為C盤，如果要更改安裝路徑，點擊【瀏覽】，更改安裝路徑后，點擊【安裝】。

7、等待安裝完成。

8、點擊【關(guān)閉】。

9、點擊【確定】。

10、桌面上，雙擊打開軟件圖標(biāo)。

11、勾選【Do not show...】，點擊【OK】。

12、安裝完成。

使用教程

一、使用ResMol

雙擊名為raswin的圖標(biāo)即可啟動Rasmol。啟動的Rasmol分為前面介紹過的兩部分:顯示主窗口和行命令窗口。??

Rasmol能打開pdb類型的文件,所需pdb文件可在該網(wǎng)站下載。(http://www.rcsb.org/pdb)可在如下圖所示的搜索框中輸入所要查找的物質(zhì)名稱:

點擊search即可查到所需物質(zhì)的pdb文檔。我們以PTEN蛋白為例:輸入PTEN,點search查找，可得到如下搜索頁。

點擊圖中箭頭所示處即可打開如下頁面:

點擊圓圈處即可下載該蛋白的pdb文檔。

要打開剛才下載的文檔，先選擇File，再選擇Open。如下圖:

然后在彈出的選擇框中選擇剛才保存的名為1d5r的文檔，如下圖:

打開之后即在顯示主窗口中顯示了PTEN的結(jié)構(gòu)，如下圖:

特別提示:在已經(jīng)打開一個pdb文檔的情況下，要想打開另一個，必須先關(guān)閉前一個。點擊 File，選擇Close，才能打開后一個，否則后一個無法顯示，如下圖:

二、ResMol各項指令說明

在unix系統(tǒng)下，讀入結(jié)構(gòu)文件可以直接用命令的方式，如 rasmol 1crn.pdb. 在windows下，可以先打開raswin, 然后在File的菜單下讀入結(jié)構(gòu)文件。

Rasmol 所識別的文件有下面幾種：

pdb：Brookhaven Protein Databank，來源于www.rcsb.org

nmrpdb NMR multi-pdb file format

mopac mopac file format; either cartesian or z-matrix format。

mdl Molecular Design Limited's MOL file format

mol2 Tripos' Sybyl Mol2 file format。

xyz MSC's XMol XYZ file format。

alchemy Tripos' Alchemy file format。

charmm CHARMm file format。

如果想讀入Charmm軟件包的結(jié)構(gòu)文件，用命令行的方式是：rasmol –charmm 1crn.crd.

在打開rasmol后，會出現(xiàn)兩個窗口，一個是圖形窗口，另外一個是命令行窗口。可以在圖形窗口中進(jìn)行一系列的結(jié)構(gòu)操作，但是有些的操作還需要命令行來補充。

下面就將常用的命令進(jìn)行一下總結(jié)。

restrict protein：在圖形窗口中去除所有的非蛋白質(zhì)原子。

restrict lys: 在圖形窗口中去除所有的非lys殘基。

select all: 選擇所有的原子。

select protein：選擇蛋白質(zhì)原子。

select hetero：選擇非蛋白質(zhì)，非DNA原子。

一、常用的選擇命令：

1. 結(jié)構(gòu)文件中鏈的選擇：

每條鏈都有一個字母或數(shù)字表示。選擇一條鏈時，必須用:或*說明字母代表鏈。

比如：

select :d 選擇d鏈的所有原子

select *d 選擇d鏈的所有原子

select :d,:e 選擇d或e鏈的所有原子

select glu:2 選擇2號鏈的所有g(shù)lu。

2. 通過殘基名稱選擇

PDB文件中每個殘基都有1-3個字符串的名稱。所有的氨基酸用3字符表示，DNA，RNA用單字符表示。水分子用HOH表示。其他的配體的名稱可以用文本編輯器打開PDB文件搜索，配體原子對應(yīng)的坐標(biāo)在文本中由HETATM開頭，而蛋白質(zhì)或DNA的原子是以ATOM開頭，見下面的例子：

ATOM 1902 O GLY R 62 -32.180 -32.765 46.907 1.00 38.84

HETATM 1955 O HOH 1 -26.069 -22.429 17.059 1.00 53.88

有些基團(tuán)的名稱含有數(shù)字，如SO3，PO4。在選擇這些殘基時，殘基需要加上方括號，如select [SO3]. 鈣原子或其他金屬原子一般用2字符表示，如CA, MN,MG, ZN. 如果需要選擇鈣原子，可以用”select ca”. 鈣原子ca的表示與蛋白質(zhì)的a碳原子表示沖突，因此如果PDB結(jié)構(gòu)中有鈣原子，只想選擇蛋白質(zhì)的a碳原子，可以用select protein and *.ca.

另外一些例子有：

select lys:a 選擇A鏈的所有l(wèi)ys.

Select (lys,arg) and :b 選擇B鏈的lys或arg。

3. 通過殘基的數(shù)字選擇

每個殘基都有一個數(shù)字相對應(yīng)，下面是一些選擇的例子：

Select 32 選擇每條鏈的32號殘基以及32號雜原子

Select 19-32 選擇每條鏈的19-32號殘基以及19-32號雜原子

select 19-32 and not hetero 選擇每條鏈的19-32號殘基

select 19-32 and hetero 選擇19-32 號雜原子

select 19-32:y 選擇Y鏈的19-32號殘基

select asp47 選擇所有鏈的47號位置的asp

4. 原子的選擇

PDB文件中每個原子都有一個序列號對應(yīng)，可以在圖形界面上點擊，查看序列號。如果想選擇原子可以用：

Select atomno = 131 選擇第131個原子

Select atomno = 217, atomno = 1426 選擇第217和1426號原子

select atomno >= 195 and atomno <= 277 選擇195-277號原子

PDB原子名稱，PDB文件中所有的原子的命名采用標(biāo)準(zhǔn)命名，CA表示a－碳原子CB表示b－碳原子，以此類推。CG, CD, CE, CZ, CH (gamma, delta, epsilon, zeta, eta)。N7 (7th nitrogen in a residue), O2P (second oxygen on a phosphorus), OE2 (second oxygen on an epsilon carbon), HD1 (1st hydrogen on a delta carbon). 可以在圖形界面中點擊原子，然后在命令行窗口上讀取原子信息。

其他實例：

select *.cg 選擇所有g(shù)位的碳原子。

select lys.cg 選擇所有賴氨酸的g位的碳原子

select :a.cg 選擇A鏈所有g(shù)位的碳原子

select lys:a.cg 選擇A鏈所有賴氨酸的g位的碳原子

select 27-42:a.cg 選擇A鏈從27到42位氨基酸的g位的碳原子

select *.h? 選擇所有2字符的氫原子

select *.h??? 選擇所有的氫原子。

元素名稱，鍵入全名，如magnesium, iron, sulfur等。

另外一些選擇實例：

用戶可以自定義一些區(qū)域進(jìn)行操作，比如：

define activesite（15,67,109）

select activesite

color green

另外可以通過下面的命令選擇某個殘基周圍的其他原子：

select within（4.5, ser72) 選擇ser72周圍4.5?內(nèi)的原子。

如果不想選擇該范圍內(nèi)的某個殘基，可以用:

select within（4.5, ser72) and not lys80

二、進(jìn)一步的操作：

在選擇了一些基團(tuán) 后，就可以對它們進(jìn)行進(jìn)一步的操作，比如修改殘基的表示方法，可以變成球棍模型，空間堆積模型等等。也可以對它們進(jìn)行不同的著色。rasmol提供了多種圖形顯示方法，對原子的顯示有wireframe，spacefill，sticks，ball and stick，對于二級結(jié)構(gòu)的顯示有ribbons，strands和cartoons。另外還有backbone的顯示方法。

在選擇了一個殘基后，可以有下列操作：

select 172:A

color green 將該殘基著綠色

wireframe 0.5 數(shù)字表示一個相對值，此時可以看見該殘基變粗了。

此時可以在圖形界面中的display菜單中選擇sticks ，spacefill或ball and stick的方式。然后在命令行窗口可以進(jìn)行參數(shù)設(shè)定，比如，在將殘基變成ball and stick方式后，在鍵入 spacefill 0.3， 可以發(fā)現(xiàn)原子的表示比原來要小，如果在鍵入wireframe 0.1，可以發(fā)現(xiàn)，化學(xué)鍵的表示變細(xì)了。通過這種方法，可以很容易區(qū)分所感興趣的殘基。

1. Backbone，ribbons，strands，trace

backbone可以將多肽鏈表示為通過C－碳原子相互連接的方式。Backbone加上數(shù)字可以控制化學(xué)鍵的粗細(xì)。如果想將化學(xué)鍵表示為虛線，可以用backbone dash的命令?？梢杂胏olor backbone yellow將其著黃色。

與backbone類似的命令是trace，該命令將backbone表示進(jìn)行了圓滑處理。Trace temperature的命令，可以用不同粗細(xì)來標(biāo)示結(jié)構(gòu)中溫度因子的大小，溫度因子越大，標(biāo)示越粗。

Ribbons，和strands是二級結(jié)構(gòu)的不同表示方法。Ribbons，strands后跟參數(shù)可以控制其寬度。

2. Background

可以用 background yellow將圖形界面的背景著黃色。

3. Hbonds和Ssbonds

用該命令要求rasmol搜索氫鍵，rasmol可以報告氫鍵的數(shù)目。可以用hbonds on或hbonds off控制氫鍵在圖形界面中的顯示。也可以將氫鍵表示換成不同的顏色，用color hbonds yellow可以將默認(rèn)的紅色該為黃色。

Ssbonds用于表示二硫鍵，用法與hhbonds類似。

另外用color hbonds type，可以用不同的顏色表示不同距離范圍內(nèi)的氫鍵，比如用紅色表示螺旋中的氫鍵，而黃色表示折疊間的氫鍵，而轉(zhuǎn)角的氫鍵用洋紅色表示。

4. Label

在選擇某個殘基后，要向?qū)ζ溥M(jìn)行標(biāo)記，可以用label，同時通過Set fontsize來控制字體大小，用Set fontstroke控制比劃寬度。

比如選擇R鏈40位的lys的NZ原子可以用：

select lys40:R.NZ

label lys40

color label yellow

就可以在NZ原子的位置表上lys40。

另外label后面跟不同的參數(shù)可以控制label的內(nèi)容，比如：

%a 原子名稱，如上例，將只顯示NZ

%b %t 晶體學(xué)中的B－值或溫度因子

%c %s 多肽鏈名

%e 顯示元素名，上例就是N原子。

%i 結(jié)構(gòu)文件中對應(yīng)的原子號。

%n 結(jié)構(gòu)文件中對應(yīng)的殘基名

%r 結(jié)構(gòu)文件中對應(yīng)的殘基號

%M NMR Model Number (with leading "/")

%A Alternate Conformation Identifier (with leading ";")

用color label yellow 將用黃色標(biāo)記。

5. Renumber

有時PDB文件中N-末端的第一個殘基的位置不是從1開始，而是從其他數(shù)字開始，為了處理方便，可以用renumber將其該為1號開始。也可以在renumber后加數(shù)字來選擇不同的起始。

6. Save

在選擇了一些感興趣的基團(tuán)后，可以用save命令來保存所選擇的基團(tuán)的坐標(biāo)。操作是save myfile.pdb。還可以跟不同的文件格式將它們保存為不同的結(jié)構(gòu)文件，可以用save mdl(alchemy或xyz) myfile。

7. Script

如果進(jìn)行了很多操作，最后想保留這些歷史，可以用write script或write rasmol來保存，下次只要調(diào)用角本文件即可，操作是write script myfile。調(diào)用時可以用source myfile或script myfile。

8. Show

Show的功能較多，可以跟不同的參數(shù)，

比如：

show information: 可以給出結(jié)構(gòu)文件的信息，比如什么蛋白質(zhì)，多少肽鏈等。

show phipsi: 給出所有的phi,psi角度。

show RamPrint：給出拉氏圖(rasmachandran plot)

show selected { group | chain | atom }：給出選擇的內(nèi)容。

show sequence: 給出氨基酸，核酸序列。

show symmetry：給出晶體結(jié)構(gòu)晶胞參數(shù)等。

show translation(rotation,zoom)：在圖形界面上平移,轉(zhuǎn)動或縮放后，給出這些信息。

9. Structure

用該命令可以要求Rasmol計算二級結(jié)構(gòu)(dssp算法)，可以給出螺旋，折疊的個數(shù)。如果PDB結(jié)構(gòu)中有這些信息，將直接使用，而不通過計算。根據(jù)這些信息，rasmol定義了helix, sheet以及turn，因此可以用select helix等來選擇二級結(jié)構(gòu)，然后進(jìn)行不同的操作。

10． 圖形位置控制

a. Centre

控制旋轉(zhuǎn)中心或滾動中心。比如 centre lys140，將中心從原來整個分子的中心轉(zhuǎn)移至lys140上。

b. Rotate，translate

控制旋轉(zhuǎn)角度，平移位置。比如分子繞x軸旋轉(zhuǎn)10度，用rotate x 10，反向則用rotate x -10。translate的使用同rotate。

c. Zoom

控制縮放大小，比如zoom 100。

d. Reset

顯示回到初始顯示位置

11. 原子顏色的控制

rasmol有默認(rèn)的原子顏色，比如碳原子用灰色表示?？梢杂孟旅娴姆绞綄⑵渥?yōu)榫G色：select carbon, color green.

12. rasmol的默認(rèn)定義類

rasmol有自己定義的類，比如芳香族氨基酸對應(yīng)aromatic,即如果想選擇所有的芳香族氨基酸，可以直接用select aromatic。

其他的還有:

AT Acidic Acyclic

Aliphatic Alpha Amino

Aromatic Backbone Basic

Bonded Buried CG

Charged Cyclic Cystine

Helix Hetero Hydrogen

Hydrophobic Ions Large

Ligand Medium Neutral

Nucleic Polar Protein

Purine Pyrimidine Selected

Sheet Sidechain Small

Solvent Surface Turn

溫馨提示：分享的所有軟件，均由互聯(lián)網(wǎng)中的資源整理所得，僅限學(xué)習(xí)交流，切勿商用，侵刪！

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