介紹

GitHub - trinityrnaseq/trinityrnaseq: Trinity RNA-Seq de novo transcriptome assembly

Trinity是一種開源的RNA-Seq分析軟件，用于轉(zhuǎn)錄組的de novo組裝。轉(zhuǎn)錄組de novo組裝是通過將RNA-Seq數(shù)據(jù)中的短序列片段（reads）重新組裝成完整的轉(zhuǎn)錄本（transcript）的過程。

Trinity的主要功能和作用如下：

1. 轉(zhuǎn)錄本組裝：Trinity可以將RNA-Seq數(shù)據(jù)中的reads重新組裝成完整的轉(zhuǎn)錄本。它通過比對和組裝過程，將reads組裝成相應(yīng)的轉(zhuǎn)錄本，并生成一個轉(zhuǎn)錄本集合。這些轉(zhuǎn)錄本可以用于進一步的分析和注釋。

2. 剪接變異檢測：Trinity可以檢測轉(zhuǎn)錄本中的剪接變異。剪接變異是指在同一基因的不同轉(zhuǎn)錄本中，由于區(qū)域的剪接方式不同而導(dǎo)致的轉(zhuǎn)錄本結(jié)構(gòu)的差異。Trinity可以根據(jù)reads的比對信息來檢測這些剪接變異，并提供相應(yīng)的注釋信息。

3. 表達量估計：Trinity可以估計轉(zhuǎn)錄本的表達量。它基于RNA-Seq數(shù)據(jù)中的reads覆蓋信息，計算每個轉(zhuǎn)錄本的表達水平。這對于研究基因表達調(diào)控機制、尋找差異表達基因等具有重要意義。

4. 轉(zhuǎn)錄本注釋：通過與已知數(shù)據(jù)庫比對，Trinity可以對轉(zhuǎn)錄本進行注釋。它可以比對轉(zhuǎn)錄本序列到不同的數(shù)據(jù)庫（如基因組、蛋白質(zhì)序列、功能注釋數(shù)據(jù)庫等），以獲取轉(zhuǎn)錄本的功能和結(jié)構(gòu)信息。

5. 轉(zhuǎn)錄本定量差異分析：Trinity可以進行轉(zhuǎn)錄本定量差異分析，用于識別在不同條件下表達量有顯著差異的轉(zhuǎn)錄本。這對于發(fā)現(xiàn)與生物學(xué)過程和疾病相關(guān)的差異表達轉(zhuǎn)錄本具有重要意義。

總之，Trinity是一種功能強大的RNA-Seq分析軟件，可以進行轉(zhuǎn)錄組de novo組裝，并提供轉(zhuǎn)錄本注釋、剪接變異檢測、表達量估計和轉(zhuǎn)錄本定量差異分析等功能，為研究者在轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)的分析中提供了重要的工具。

下載地址：https://github.com/trinityrnaseq/trinityrnaseq/releases/download/Trinity-v2.15.1/trinityrnaseq-v2.15.1.FULL.tar.gz

?安裝

安裝依賴庫

首先確保系統(tǒng)中已經(jīng)安裝了必要的依賴包，比如Perl、Java和C編譯器（如GCC）等。

# 對于Ubuntu/Debian系系統(tǒng)：
sudo apt-get update
sudo apt-get install -y build-essential zlib1g-dev libbz2-dev liblzma-dev libcurl4-openssl-dev libncurses5-dev Trinity需要的其他依賴

# 對于CentOS/RHEL系統(tǒng)：
sudo yum groupinstall 'Development Tools'
sudo yum install -y perl java-1.8.0-openjdk-devel zlib-devel bzip2 bzip2-devel xz-devel curl-devel ncurses-devel

下載Trinity源代碼

訪問Trinity官方GitHub倉庫或官網(wǎng)下載最新版本的源代碼包：

# 例如，從GitHub下載并解壓：
wget https://github.com/trinityrnaseq/trinityrnaseq/releases/download/v<version>/Trinity-v<version>.tar.gz
tar -xzvf Trinity-v<version>.tar.gz
cd Trinity-v<version>

請將<version>替換為實際的Trinity版本號。

編譯與安裝

進入解壓后的目錄，執(zhí)行配置腳本和編譯命令：

make

Trinity通常不需要特定的make install步驟，因為所有的可執(zhí)行文件都在當(dāng)前目錄下生成。

設(shè)置環(huán)境變量（可選）

為了方便使用，可以將Trinity的bin路徑添加到系統(tǒng)環(huán)境變量PATH中：

# 添加至.bashrc或相應(yīng)shell配置文件中
echo 'export PATH=$PATH:/path/to/Trinity-v<version>/trinity-plugins/:/path/to/Trinity-v<version>/util/' >> ~/.bashrc
source ~/.bashrc

驗證安裝

安裝完成后，可以通過運行Trinity的幫助信息來驗證是否成功安裝：

Trinity --help

請注意，上述步驟是基于典型Linux系統(tǒng)的簡化指南，具體安裝細節(jié)可能根據(jù)不同的系統(tǒng)環(huán)境有所不同。此外，Trinity運行時還需要一些額外的工具和數(shù)據(jù)庫，例如Bowtie/Bowtie2、SAMtools等，也需要按照類似方式安裝。如果是在集群環(huán)境下運行，還可能需要設(shè)置相應(yīng)的并行計算環(huán)境。

?文章來源地址http://www.zghlxwxcb.cn/news/detail-788563.html

使用：

1. 數(shù)據(jù)準(zhǔn)備

• RNA-seq數(shù)據(jù)通常以FASTQ格式提供，分為兩個文件，每條序列的讀1和讀2分別存儲在兩個文件中（如果是單端測序則只有一個文件）。確保你的原始測序數(shù)據(jù)質(zhì)量良好，并已經(jīng)進行了質(zhì)量控制（例如，使用FastQC進行初步評估，用Trimmomatic或類似的工具去除低質(zhì)量堿基和接頭）。

2. 運行Trinity進行轉(zhuǎn)錄組組裝

• 在命令行下進入包含Trinity可執(zhí)行文件的目錄（如果已將路徑添加到環(huán)境變量PATH中，則可以在任何地方運行）。
• 創(chuàng)建一個工作目錄，并將處理好的FASTQ文件復(fù)制到此目錄。

mkdir Trinity_workdir
cd Trinity_workdir
cp /path/to/your/*.fastq.gz .

• 運行Trinity的基本命令（假設(shè)您的數(shù)據(jù)是雙端測序且已經(jīng)壓縮為gzip格式）：

 Trinity \
   --seqType fq \
   --left reads_1.fastq.gz \
   --right reads_2.fastq.gz \
   --CPU 8 \
   --max_memory 50G \
   --output trinity_out_dir

上述命令解釋：

• --seqType fq?指定輸入文件為FASTQ格式。
• --left?和?--right?分別指定左（前向）和右（反向）配對的FASTQ文件路徑。
• --CPU?設(shè)置使用的CPU核心數(shù)。
• --max_memory?設(shè)定程序使用的最大內(nèi)存，根據(jù)實際硬件資源調(diào)整。
• --output?指定輸出結(jié)果目錄。

此外，還可以根據(jù)需要選擇更多的參數(shù)，比如進行read標(biāo)準(zhǔn)化、clip重疊區(qū)域等：

• 如果需要進行In silico Read Normalization（對于非常深度的數(shù)據(jù)），不關(guān)閉此功能（默認(rèn)開啟）。
• 如果要處理UTR區(qū)域重疊的問題，可以啟用Jaccard clip：

 Trinity \
   ... \
   --jaccard_clip \
   ...

3. 結(jié)果分析與解讀

Trinity運行完成后，在指定的輸出目錄（此處為trinity_out_dir）中會生成多個文件，其中包括：

• trinity_out_dir/transcripts.fasta：組裝出的轉(zhuǎn)錄本序列。
• trinity_out_dir/genes.fasta：基因簇對應(yīng)的序列。
• 各種統(tǒng)計信息文件和其他有用的中間結(jié)果。

后續(xù)步驟可能包括轉(zhuǎn)錄本的注釋、表達量估計、差異表達分析等。

?

到了這里，關(guān)于開源的RNA-Seq分析軟件Trinity的詳細介紹和使用方法的文章就介紹完了。如果您還想了解更多內(nèi)容，請在右上角搜索TOY模板網(wǎng)以前的文章或繼續(xù)瀏覽下面的相關(guān)文章，希望大家以后多多支持TOY模板網(wǎng)！