雖然西弗吉尼亞大學(xué)的研究人員看到了最新的官方ChatGPT插件——名為“代碼解釋器”（ Code Interpreter）的教育應(yīng)用潛力，但他們也發(fā)現(xiàn)，對(duì)于使用計(jì)算方法處理針對(duì)癌癥和遺傳疾病的定向治療的生物數(shù)據(jù)的科學(xué)家來說，這款插件的使用存在限制。

“代碼解釋器是一項(xiàng)很有潛力的工具，特別是在教育領(lǐng)域，因?yàn)樗箤W(xué)生更易于接觸STEM領(lǐng)域的編程?！蔽鞲ゼ醽喆髮W(xué)醫(yī)學(xué)院微生物學(xué)、免疫學(xué)和細(xì)胞生物學(xué)系的助理教授，也是生物信息學(xué)核心的主任 Gangqing "Michael" Hu說：“然而，它并沒有提供生物信息學(xué)領(lǐng)域所需的所有功能。這些是可以通過技術(shù)改進(jìn)來解決的問題。代碼解釋器在未來可能會(huì)擴(kuò)展其應(yīng)用領(lǐng)域，包括生物信息學(xué)、金融和經(jīng)濟(jì)學(xué)等領(lǐng)域?！?/p>

自2022年12月發(fā)布以來，備受歡迎的人工智能聊天機(jī)器人ChatGPT引起了商業(yè)、教育和公眾的關(guān)注。然而，它并沒有完全滿足從事生物醫(yī)學(xué)研究，包括生物信息學(xué)這一交叉領(lǐng)域的需求，這些科學(xué)家迫切期待著OpenAI的代碼解釋器插件，希望它能填補(bǔ)這些空白。

Hu和他的團(tuán)隊(duì)對(duì)代碼解釋器在各種任務(wù)中的表現(xiàn)進(jìn)行了測(cè)試，以評(píng)估其特性。他們的研究結(jié)果發(fā)表在《Annals of Biomedical Engineering》上，結(jié)果顯示，這款插件在某些方面表現(xiàn)出色，但仍然存在一些限制。

例如，沒有科學(xué)背景的人可以通過代碼解釋器輕松接觸編程或計(jì)算機(jī)編程。Hu說，它還具有成本效益，并激發(fā)了學(xué)生探索數(shù)據(jù)分析的好奇心，提高了他們的學(xué)習(xí)興趣。他指出，用戶需要理解如何解讀數(shù)據(jù)，并識(shí)別結(jié)果是否準(zhǔn)確，以及知道如何與聊天機(jī)器人互動(dòng)。

生物信息學(xué)家依賴精確的編程、計(jì)算機(jī)軟件程序和互聯(lián)網(wǎng)訪問來存儲(chǔ)、分析和解釋用于現(xiàn)代醫(yī)學(xué)進(jìn)步的生物數(shù)據(jù)，如DNA和人類基因組。

盡管需要對(duì)生物信息學(xué)進(jìn)行特定的改進(jìn)，Hu說，代碼解釋器有助于用戶確定答案的準(zhǔn)確性，以及是否存在一種所謂的"幻覺"，即虛構(gòu)的答案，這在一些情況下可能會(huì)誤導(dǎo)。。

“人們知道ChatGPT可以做許多令人印象深刻的事情，但它并不擅長(zhǎng)提供引文或參考來支持其答案。如果被問及支持響應(yīng)的來源，它可能會(huì)開始編造參考文獻(xiàn)。”Hu解釋說?！按a解釋器提供了一個(gè)解決方案來最小化幻覺。對(duì)于可以通過編程解決的問題，代碼本身就可以作為源或引文。這是一個(gè)重要的進(jìn)步?！?/p>

Hu的合作者包括來自西弗吉尼亞大學(xué)微生物學(xué)、免疫學(xué)和細(xì)胞生物學(xué)系的博士后Lei Wang；來自南達(dá)科他州立大學(xué)的Xijin Ge；以及來自亞利桑那州立大學(xué)的Li Liu。

該團(tuán)隊(duì)發(fā)現(xiàn)代碼解釋器能夠?qū)?shù)據(jù)轉(zhuǎn)化為圖表和圖形的能力方面具備良好的效果。

對(duì)代碼解釋器的升級(jí)建議包括，提供互聯(lián)網(wǎng)訪問以下載基因組數(shù)據(jù)，安裝特定于生物信息學(xué)的軟件，擴(kuò)大存儲(chǔ)能力，并支持更多的編程語(yǔ)言。此外，研究人員發(fā)現(xiàn)需要遵守HIPAA等隱私和安全應(yīng)用法規(guī)。

在測(cè)試數(shù)據(jù)分析時(shí)，他們發(fā)現(xiàn)了一些限制。該插件僅支持一種計(jì)算機(jī)程序，Python （生信分析Python實(shí)戰(zhàn)練習(xí) 3 | 視頻21），且只支持一些專門用于生物信息學(xué)的軟件包。此外，它無(wú)法訪問互聯(lián)網(wǎng)上的數(shù)據(jù)，也無(wú)法處理大文件。這個(gè)繪圖功能是真的強(qiáng)大，生信麻瓜的 ChatGPT 4.0 初體驗(yàn)

利用代碼解釋器作圖的三個(gè)例子

"它只允許處理大約100兆字節(jié)左右的文件，但我們處理的文件達(dá)到了千兆字節(jié)級(jí)別，"Hu說。"此外，它不支持大型數(shù)據(jù)集所需的并行處理，導(dǎo)致性能較慢。" Hu表示，盡管他預(yù)計(jì)代碼解釋器將會(huì)有更多的升級(jí)，但他計(jì)劃在明年的課程中使用該插件，以幫助學(xué)生了解數(shù)據(jù)可視化。"人工智能是一個(gè)快速發(fā)展的領(lǐng)域。我希望到那個(gè)時(shí)候，OpenAI可以克服一些限制，以便它可以用于廣泛的生物信息學(xué)編程。" 最后，Hu表示，他將繼續(xù)監(jiān)測(cè)和測(cè)試新的人工智能編程和功能，因?yàn)樵谶@個(gè)領(lǐng)域仍然存在許多等待被發(fā)現(xiàn)的創(chuàng)新用途。

生信寶典：ChatGPT 給出提示和代碼后 （偷個(gè)懶，用ChatGPT 幫我寫段生物信息代碼），大數(shù)據(jù)還是需要在本地跑，不然上傳下載的速度和分析占用的資源就太多了。

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