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使用NCBI數(shù)據(jù)庫(kù)查詢(xún)并使用BLAST比對(duì)新冠病毒及九種變種的核酸序列

這篇具有很好參考價(jià)值的文章主要介紹了使用NCBI數(shù)據(jù)庫(kù)查詢(xún)并使用BLAST比對(duì)新冠病毒及九種變種的核酸序列。希望對(duì)大家有所幫助。如果存在錯(cuò)誤或未考慮完全的地方,請(qǐng)大家不吝賜教,您也可以點(diǎn)擊"舉報(bào)違法"按鈕提交疑問(wèn)。

一、實(shí)驗(yàn)?zāi)康?/h3>
  1. 學(xué)會(huì)使用NCBI這一常見(jiàn)生物數(shù)據(jù)庫(kù)
  2. 學(xué)會(huì)使用比對(duì)分析工具BLAST分析核酸或氨基酸序列。

二、實(shí)驗(yàn)內(nèi)容

登錄NCBI生物信息站點(diǎn),查找新冠病毒(COVID-19)和其他幾個(gè)變種的核酸序列,并利用多序列比對(duì)工具(ClustalX)觀察說(shuō)明比對(duì)結(jié)果;也可以先檢索到COVID-19的核酸或氨基酸序列,利用FASTA序列比對(duì)數(shù)據(jù)庫(kù)搜索工具,檢索出其他幾種變種的序列,即相似度高的序列,然后進(jìn)行多序列比對(duì)。

三、實(shí)驗(yàn)步驟

1,新冠原始病株
首先從NCBI數(shù)據(jù)庫(kù)中查詢(xún)新冠病毒原始病株,查詢(xún)可知,目前使用的新冠病毒參考序列為NC_045512.2,該序列為2020年1月18日第一株公布出來(lái)的新型冠狀病毒序列。樣品來(lái)自武漢采集樣本,原始 GenBank accession number 為MN908947,refseq 庫(kù) accession number 為 NC_045512.2,長(zhǎng)度 29903bp,原始數(shù)據(jù)為SRR10971381。
參考序列網(wǎng)址:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_045512
2,不同地區(qū)代表株
由于目前新冠病毒已發(fā)表出來(lái)的基因組超過(guò) 200 多萬(wàn)個(gè)樣本,其中 NCBI 可以下載的超過(guò)78 萬(wàn),無(wú)法對(duì)全部數(shù)據(jù)進(jìn)行比對(duì)分析,并且其中很多序列差別很小,這里我們只隨機(jī)挑選一些典文章來(lái)源地址http://www.zghlxwxcb.cn/news/detail-476183.html

到了這里,關(guān)于使用NCBI數(shù)據(jù)庫(kù)查詢(xún)并使用BLAST比對(duì)新冠病毒及九種變種的核酸序列的文章就介紹完了。如果您還想了解更多內(nèi)容,請(qǐng)?jiān)谟疑辖撬阉鱐OY模板網(wǎng)以前的文章或繼續(xù)瀏覽下面的相關(guān)文章,希望大家以后多多支持TOY模板網(wǎng)!

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