R語(yǔ)言
R語(yǔ)言實(shí)操記錄——獲取包的三種渠道及安裝包的三種方式
一、獲取包的三種渠道
- 渠道1 、CRAN：R語(yǔ)言的官網(wǎng)，里面包含有絕大多部分領(lǐng)域的大部分包。
- 渠道2、Bioconductor：生物專(zhuān)業(yè)的相關(guān)網(wǎng)頁(yè)，包含有大部分的專(zhuān)業(yè)數(shù)據(jù)分析包。
- 渠道3、Github：一部分還未被官網(wǎng)收錄的包或者比較新的包會(huì)被發(fā)布在Github上。
二、安裝包的三種方式
- 每種渠道都有自己的安裝方式
2.1、CRAN
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之前將了基于R的兩種安裝包的方式link，這里講一下基于RStudio的三種安裝方式。
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三種方法就是基于之前講的兩種方法的演變，前兩種是在線安裝，第三種是源碼安裝
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安裝前可以在RStudio中的選項(xiàng)卡 Tools -> Global Options -> Packages 下調(diào)整鏡像源（CRAN），選China的可以提高下載速度，當(dāng)前鏡像源崩潰時(shí)也可以用這方法來(lái)切換別的鏡像源下載。（此方法是基于RStudio的，基于R的也在前面文章中介紹過(guò)）
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方法一：調(diào)用函數(shù) install.packages(“packagename”)（單引號(hào)也是一樣的效果）
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方法二：RStudio中的選項(xiàng)卡 Tools -> Install Packages（在線安裝）
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方法三：找到對(duì)應(yīng)官網(wǎng)，下載源碼壓縮包（.zip,.tar.gz）后在RStudio中的選項(xiàng)卡 Tools -> Install Packages（源碼安裝）（需要自己下載依賴(lài)項(xiàng)）
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文章來(lái)源：http://www.zghlxwxcb.cn/news/detail-468724.html
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2.2、Bioconductor
- 在線安裝：
if (!require("BiocManager", quietly = TRUE))
install.packages("BiocManager")
# 安裝Bioconductor的包需要用到BiocManager包來(lái)實(shí)現(xiàn)（：：表示調(diào)用BiocManger中的install函數(shù)）
# 上面兩句函數(shù)是用來(lái)搜索是否已經(jīng)安裝BiocManager包的，沒(méi)有則安裝。
# 假如已經(jīng)確定安裝過(guò)此包，可以直接輸入下面的語(yǔ)句來(lái)安裝包
BiocManager::install("Packagename")
- 源碼安裝：（同上述方法三）
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切換鏡像源：Bioconductor是外網(wǎng)，在下載時(shí)容易中斷或速度較慢，可以切換為國(guó)內(nèi)的鏡像源。
- 清華鏡像
- 運(yùn)行下述語(yǔ)句就可以實(shí)現(xiàn)安裝
options(BioC_mirror="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/bioconductor")
2.3、Github
- 安裝方式：（官網(wǎng)上查找對(duì)應(yīng)的包，下面一般會(huì)給出安裝語(yǔ)句）
install.packages("devtools")
# 預(yù)先安裝devtools包
devtools::install_github('Creatorname/Packagename')
- 示例：安裝monocle3包
devtools::install_github("cole-trapnell-lab/monocle3")
文章來(lái)源地址http://www.zghlxwxcb.cn/news/detail-468724.html
注意
- 一般在安裝Bioconductor包或者Github包時(shí)會(huì)提問(wèn)是否需要更新其他包，這里選擇否
- 原因：包之間都存在著依賴(lài)關(guān)系，但是由于開(kāi)發(fā)包的時(shí)間不同，基于的版本號(hào)也不同，更新可能會(huì)導(dǎo)致包之間依賴(lài)關(guān)系的崩潰，所以建議不要全部更新，而是只更新需要的包。
到了這里，關(guān)于R語(yǔ)言實(shí)操記錄——獲取包的三種渠道及安裝包的三種方式的文章就介紹完了。如果您還想了解更多內(nèi)容，請(qǐng)?jiān)谟疑辖撬阉鱐OY模板網(wǎng)以前的文章或繼續(xù)瀏覽下面的相關(guān)文章，希望大家以后多多支持TOY模板網(wǎng)！
